Al personale dirigente dell'Agenzia appartenente al ruolo sanitario si applicano i contratti collettivi dell'Area Sanità, mentre al restante personale dirigente (amministrativo, tecnico e professionale) trovano applicazione i contratti collettivi dell'Area Funzioni Locali.
I contratti collettivi di entrambe le Aree sono disponibili sul sito dell'Aran
Al personale non dirigente dell'Agenzia si applicano i contratti collettivi nazionali di lavoro del comparto del Servizio sanitario nazionale, reperibili nella sezione Contrattazione, comparto sanità, del sito Aran.